Algorithmen der Bioinformatik

Willkommen im Labor für Algorithmen in der Bioinformatik

Das Hauptaugenmerk unseres Labors liegt auf der Entwicklung neuer und fortschrittlicher Algorithmen für die Bioinformatik. Hier ist eine kurze Liste unserer aktuellen Forschungsschwerpunkte:

  • Microbiomanalyse und -simulation
  • Long-Read-Analyse
  • Phylogenetische Netzwerke und Bäume
  • Modelle, Algorithmen, Software und Komplexität

Weitere Einzelheiten finden Sie im Abschnitt Forschung, in unseren Veröffentlichungen und in unserer Software.

Neue Publikationen

Wenhuan Zeng, Anupam Gautam, Daniel H Huson, DeepToA: an ensemble deep-learning approach to predicting the theater of activity of a microbiome, Bioinformatics, 2022;, btac584. 

Gabriela Fiori da Silva, Anupam Gautam, Iolanda Cristina Silveira Duarte, Tiago Palladino Delforno, Valéria Maia de Oliveira, Daniel H. Huson Interactive analysis of biosurfactants in fruit-waste fermentation samples using BioSurfDB and MEGAN Scientific Reports 12, Article number: 7769 (2022)

Anupam Gautam, Hendrik Felderhoff, Caner Bagci, Daniel H. Huson. Using AnnoTree to Get More Assignments, Faster, in DIAMOND+MEGAN Microbiome Analysis, ASM Journals mSystems Vol.7 No.1 (22.02.2022)

Caner Bağcı, David Bryant, Banu Cetinkaya, Daniel H.Huson. Microbial Phylogenetic Context Using Phylogenetic OutlinesGenome Biology and Evolution, Volume 13, Issue 9, September 2021, evab213,

 

 

 

 

 

 

 

Aktuelle Neuigkeiten

Robin Gerlach is visiting the group September 2022 for a year. He is a professor in the Department of Chemical and Biological Engineering at Montana State University-Bozeman (MSU).

Samad Ashrafi, Nemanja Kuzmanovic, Sascha Patz, Ulrike Lohwasser, Boyke Bunk, Cathrin Spröer, Maria Lorenz, Anja Frühling, Meina Neumann-Schaal, Susanne Verbarg, Matthias  Becker, Torsten Thünen Two new Rhizobioales species isolated from root nodules of common sainfoin (Onobrychis viciifolia) show different plant colonization strategies bioRXiv (pre-print 2022)

S. Patz, A. Gautam, M. Becker, S. Ruppel, P.Rodriguez-Palenzuela, D. H. Huson.  PLaBAse: A comprehensive web resource for analyzing the plant growth-promoting potential of plant-associated bacteria bioRXiv (pre-print 2021)