Integrative Transkriptomik

Apl. Prof. Dr. Kay Nieselt

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Die Gruppe von Kay Nieselt beschäftigt sich schwerpunktmässig mit der Entwicklung von Algorithmen zur Analyse und Visualisierung von Microarray- sowie den sogenannten "Next generation sequencing"-Daten. Die Gruppe hat mehrere Open-Source-Softwarepakete entwickelt. Darunter ist Mayday, eine umfangreiche Plattform für die Analyse und Visualisierung von hochdimensionalen Expressionsdaten (wie sie z.B. bei Microarray- aber auch Next-Generation-Sequencingexperimenten erzeugt werden). Diese wird auch in Kooperationen mit experimentell arbeitenden Gruppen in der Biologie und Medizin eingesetzt.

Visualisierung spielt eine große Rolle in der Bioinformatik. Die IT-Gruppe erforscht sogenannte "Visual Analytics"- Verfahren mit Fokus auf ihre Anwendung in der Bioinformatik.

Aufgrund der neuen Hochdurchsatz-Sequenziertechnologien und zielgerichteter DNA-Anreicherung ist es möglich geworden, die genetische Information, die in menschlichen Knochen und anderen Gewebe enthalten ist, zu entziffern. Dazu gehört auch die DNA von bakteriellen Pathogenen.

Seit einigen Jahren studiert sie mit ihrer Gruppe diese sogenannte altertümliche DNA, aDNA genannt, um sowohl Einsichten in die Evolution des Menschen als auch historischer Krankheiten, wie zum Beispiel Lepra oder Pest zu erlangen. Die Analyse von DNA, die aus Knochen oder aus mumifiziertem Gewebe extrahiert wurde, birgt viele computergestützte Herausforderungen. Dafür entwickelt ihre Gruppe EAGER, eine effiziente Bioinformatikanalyse-Pipeline, die insbesondere die für altertümliche DNA angemessenen Analyseschritte enthält. Die bioinformatischen Analysen sind in erfolgreiche Publikationen in Kollaboration mit der Gruppe von Johannes Krause (seit 2015 Direktor am Max-Planck-Institut für Menschheitsgeschichte) zum Beispiel zur Evolution vom Lepra-auslösenden Bakterium eingeflossen.

Schwerpunkte in der Lehre sind Bioinformatik-Vorlesungen im Bachelor- und Masterstudium, wie z.B. Grundlagen der Bioinformatik, Microarray-Bioinformatik und der Bioinformatics-Zyklus im Masterstudium.

SekretariatSabine Gebert-Rudolph
Anschrift

Universität Tübingen

Fachbereich Informatik
Integrative Transkriptomik

Sand 14
72076 Tübingen 

Telefon07071 - 29 70443
Fax07071 - 29 5147
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SprechstundenMo - Do 7:30 - 12:30

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